Описание ситуации:
1С:Бухгалтерия предприятия 2.0
В сентябре оплатили аванс по договору в валюте, в октябре пришел товар. По проводкам все сформировалось по курсу на дату аванса, а по регистру "НДС предъявленный" движения по курсу на дату аванса плюс последнее движение на курсовую разницу (в нем дата оплаты пустая). В результате в книге покупок счет-фактура предъявленный проходит по курсу на дату поступления, а не по курсу на дату аванса.
Почему так происходит?

Такое поведение соответствует действующему законодательству, никакой ошибки тут нет. Правила, установленные в ПБУ 3 для бухгалтерского учета, отличаются от правил, установленных 21й главой НК для учета НДС.